為扶持農民合作社發(fā)展，農業(yè)農村部作了重要部署，以2020年為例，各司都明確了關于合作社的工作要點：
農村合作經濟指導司：在對農民合作社高質量發(fā)展全面謀劃、統(tǒng)籌部署的基礎上，轉變工作思路方法，加快提升農民合作社發(fā)展質量，抓好試點示范、深入推進聯(lián)合與合作、深化拓展社企對接、加強指導服務；
發(fā)展規(guī)劃司：大力推進“三區(qū)三州”產業(yè)扶貧，加大“三區(qū)三州”等深度貧困地區(qū)產業(yè)扶貧政策傾斜力度、科技扶貧服務、脫貧帶頭人培訓、力推進深度貧困地區(qū)特色產業(yè)發(fā)展；
計劃財務司：推動統(tǒng)籌整合資金，支持發(fā)展壯大扶貧產業(yè)，實施重大工程項目，加快補齊“三農”領域突出短板，深入推進產業(yè)工程項目；
種植業(yè)管理司：2020 年，扶持并推介一批主導產業(yè)突出、原料基地共建、資源要素共享、聯(lián)農帶農緊密的農業(yè)產業(yè)化聯(lián)合體，積極發(fā)展農產品初加工，鼓勵和支持農民合作社和家庭農場等新型經營主體發(fā)展保鮮、儲藏、分級、包裝等設施建設。
一、國家對合作社的惠農政策主要分為三大類：優(yōu)惠政策、補貼類政策、專項扶持類政策。
1、優(yōu)惠政策
合作社可以享受土地流轉補貼、稅收減免、用水用電優(yōu)惠等優(yōu)惠政策。
土地流轉優(yōu)惠：合作社承包土地，政策規(guī)定對于承包100畝以上且用于農業(yè)生產的，國家都會給與補貼，每畝補貼標準為200元。除了土地承包的補貼，還有針對種糧的補貼，另外對于普通的糧食種植，有糧食直接補貼及農資綜合補貼，這兩種補貼都包括水稻，而農資補貼還包括玉米、小麥等。其中水稻補貼較普遍，而小麥和玉米則是根據地方政策，有的地方可能是沒有小麥和玉米補貼的。除此之外，承包土地還會獲得良種補貼，主要是為了鼓勵農民使用優(yōu)良的作物種子，其標準為水稻15元一畝，小麥、玉米、花生等10元一畝，以縣為單位發(fā)放。
稅收優(yōu)惠：一般納稅人從農民專業(yè)合作社購進的免稅農業(yè)產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額。農民專業(yè)合作社銷售本社成員生產的農業(yè)產品，免征增值稅；合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅等。
用電用水優(yōu)惠：規(guī)模化生豬、蔬菜等生產的用水、用電與農業(yè)同價；電力部門對糧食烘干機械用電按農業(yè)生產用電價格從低執(zhí)行的政策。
流通政策：國家對于農村合作社的農產品，將會支持和引導銷售，讓其跟連鎖超市、學校食堂、農作物生產加工企業(yè)等的合作和銜接。
2、補貼類政策
國家給予農業(yè)企業(yè)或合作社貸款補貼、購機補貼、種糧補貼及農資綜合補貼等，農業(yè)耕地地力保護，平均每畝補貼資金120元，規(guī)模經營合作社，每畝補貼40-80元，一般農機單機補貼最高5萬元。
3、涉農項目專項扶持
只要是農業(yè)合作社發(fā)展的涉農項目，都可以納入合作社的申報范圍，可以獲得扶持資金幫助。農業(yè)綜合開發(fā)貸款貼息項目，要求單筆貸款不低于100萬，不高于6000萬。農業(yè)綜合開發(fā)一般產業(yè)化經營項目、土地治理項目，扶持資金50萬-150萬。規(guī)模化養(yǎng)殖場、養(yǎng)殖小區(qū)、集中供氣等沼氣工程項目，扶持資金20萬-80萬。“菜籃子”產品生產扶持項目，扶持資金50萬-150萬。
二、合作社補貼如何申請?
1、合作社補貼申報條件
合作社想要拿補貼，要滿足這5個基本條件，包括依法登記注冊，規(guī)定合作社登記注冊滿一年以上；成員數量，合作社成員達到100人以上，并且其中80%以上是農民身份；有一定社會效應，比如從事符合國家政策鼓勵的方向，比如優(yōu)勢農產品生產、特色農產品生產等；運營機制合理，如合作社應有獨立的銀行賬戶、會計賬簿，并建立合作社成員賬戶，盈余返比達到60%以上；服務能力強，即“四統(tǒng)一”，品牌、包裝、銷售統(tǒng)一，產品、基地認證統(tǒng)一，生產質量安全標準和技術培訓統(tǒng)一，農業(yè)投入品的采購和供應統(tǒng)一。
2、合作社補貼申請流程
根據扶持政策，省級部門會向向設區(qū)市、直管縣農民專業(yè)合作組織主管部門下達申報通知，明確申報條件、扶持內容、每縣申報個數等內容，然后滿足申報條件的農民專業(yè)合作組織向相關部門提出申請，經過一系列的審查工作，能夠保障合作社名單公平、公正、公開。
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